Pretože samotné dezinfekčné prostriedky nemôžu úplne eliminovať biofilmy, dezinfekciou dosiahneme zníženie hladiny živín , čo môže pomôcť znížiť ich rast. Zo skúsenosti vieme , že pred samotnou dezinfekciou je potrebné biofilm mechanicky narušiť, preto pred každou dezinfekciou použijeme metódu čistenia "voda-vzduch", kde voda výrivim spôsobom čistí nielen stred potrubia, ale aj jeho steny tak , aby sa biofilm čo najviac narušil a vyplachoval von z potrubia. Pri tomto procese zostáva veľa zákazníkov nepríjemne prekvapených nánosmi usadenín a biofilmov vypláchnutých z potrubia.